Die Bestimmung des Erregers ist entscheidend für die Diagnose der Pneumozystose. Das Grundmaterial für die Untersuchung - Sputum, Bronchialsekret, Wäschen, erhalten durch die Bronchien oder bronchoalveoläre Lavage Waschen, Lungengewebeschnitten durch transbronchiale, perkutane oder offene Biopsie entnommen. Meistens werden diese Manipulationen aufgrund des schweren Zustands des Patienten nicht durchgeführt, um Komplikationen zu vermeiden.