Die Bestimmung von Antikörpern gegen die mikrosomale Fraktion der Schilddrüse wird verwendet, um Autoimmunthyreoiditis und Hypothyreose zu diagnostizieren, bei der die Konzentration von Antikörpern im Blut ansteigt. Antikörper gegen Schilddrüsenmikrosome bilden Immunkomplexe auf der Zelloberfläche, aktivieren Komplement und zytotoxische Lymphozyten, was zur Zellzerstörung und zur Bildung eines Entzündungsprozesses in der Schilddrüse führt.