Mikrodeletionen benachbarter Gene auf dem Chromosom verursachen eine Reihe sehr seltener Syndrome (Prader-Willi, Miller-Dicker, Di-Georgie, etc.). Die Diagnose dieser Syndrome wurde aufgrund der Verbesserung der Methode der Präparation der Chromosomenpräparate möglich. Für den Fall, dass die Mikrodeletion durch Karyotypisierung nicht nachgewiesen werden kann, werden DNA-Sonden verwendet, die für die Region, die einer Deletion unterzogen wurde, spezifisch sind.